Sebagai akibatnya, hasil produksi beras dari proyek PLG tidak memenuhi ekspektasi. Pada tahun 1999, ada banyak area persawahan yang tidak terpakai dan daerah pemukiman transmigran juga mulai sepi.
Akhirnya, Presiden BJ Habibie memutuskan untuk menghentikan proyek PLG melalui Keputusan Presiden Nomor. Teks direvisi pada bulan Juli 1999 dan diterbitkan dengan nomor 80/1999.
Meskipun demikian, kegagalan tersebut tidak menghalangi presiden-presiden di masa mendatang untuk mendorong pengembangan sumber-sumber pangan yang baru.
Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) pernah menginisiasi program Merauke Integrated Food and Energy Estate (MIFEE) pada bulan Agustus 2010. Program ini membutuhkan 2,5 juta hektar lahan di Merauke, Papua (sekarang berada di Papua Selatan).
Pada tahun 2011, pemerintahan SBY meluncurkan proyek food estate di Bulungan, Kalimantan Utara, dan di Ketapang, Kalimantan Barat pada tahun 2013. Penyusunan kedua proyek ini bertujuan untuk mengembangkan lahan pertanian sebesar 30. 000 dan 100000 hektar
Saat Presiden Joko Widodo memulai masa jabatannya, food estate termasuk di antara proyek-proyek strategis nasional (PSN) yang diumumkan pada bulan Januari 2016.
Pembangunan food estate direncanakan di wilayah Papua, Maluku, Kalimantan Barat, Kalimantan Tengah, dan Kalimantan Timur, dengan keseluruhan luas lahan mencapai 1,7 juta hektar.
Namun, sejak tahun 2017, proyek food estate telah dihapus dari daftar PSN karena dianggap "tidak lagi strategis" dan tidak mendapat dukungan dari daerah.