Berdasarkan keputusan pengadilan terhadap Bahar Lasiri, indoktrinasi di beberapa masjid dilakukan dalam pertemuan tertutup yang hanya dihadiri oleh sejumlah peserta terbatas. Di acara itu, mereka memperkenalkan kepada anggota baru mengenai visi dan misi JI.
Apakah ada kemungkinan JI melakukan tindakan teror. Al Chaidar menilai kemungkinan itu "sangat terbatas" karena anggota JI saat ini sedang bersembunyi dan mencoba menghindari kejaran polisi. Dia menyatakan bahwa koordinasi internal JI setelah sejumlah penangkapan juga menjadi "berantakan".
Al Chaidar menyatakan bahwa kemungkinan anggota JI untuk melakukan tindakan teror secara individu juga sangat kecil. Menurutnya, kegiatan semacam itu umumnya dilakukan oleh kelompok yang terhubung dengan ISIS. Meskipun JI tidak terkait dengan ISIS, tetapi justru terkait dengan Al-Qaeda.
Meskipun potensi tindakan individu tidak dapat diabaikan sepenuhnya, demikian menurut seorang yang pernah dihukum karena terorisme dan sekarang menjadi guru di dalam JI. Saat diwawancarai oleh IPAC, seseorang yang tidak mau disebut namanya mengungkapkan bahwa anggota-anggota JI yang masih muda rentan terpengaruh oleh ideologi ekstrem yang tersebar di media sosial, yang dapat mendorong mereka untuk melakukan tindakan teror.
Walaupun polisi telah berhasil menangkap banyak orang yang diduga sebagai anggota JI dalam satu tahun terakhir, kemungkinan tindakan kelompok tersebut masih dianggap akan tetap ada.