Dalam tambahan, Trunoyudo menuding delapan individu yang mereka amankan sedang aktif mengikuti latihan paramiliter di Poso.
Delapan individu yang ditangkap oleh kepolisian pekan ini bukanlah anggota yang diduga dari JI yang pertama kali menjadi sasaran operasi Densus 88 dalam beberapa tahun terakhir.
Selama tahun lalu, kepolisian telah menangkap puluhan orang dengan tuduhan terlibat dalam JI. Menurut Siswo Mulyartono, seorang peneliti yang fokus pada isu terorisme di Institute for Policy Analysis of Conflict (IPAC), pihak luar akan mengalami kesulitan dalam mengidentifikasi anggota JI yang terlibat dalam kepengurusan.
Siswo menyatakan melalui telepon pada hari Jumat bahwa informasi tersebut sangat sulit didapat dan privasi, bahkan anggota JI yang tidak terlibat dalam manajemen pun tidak memiliki pengetahuan tentang hal tersebut.
Menurut ahli terorisme Al Chaidar dari Universitas Malikussaleh, penangkapan yang terjadi telah mengganggu koordinasi internal Jemaah Islamiyah. Menurutnya, pihak luar belum mampu mengidentifikasi orang-orang yang mengendalikan kelompok tersebut sampai saat ini.
Mereka sedang melakukan tindakan pencegahan setelah melakukan berbagai penangkapan. Al Chaidar menyatakan bahwa mereka masih berusaha bertahan hidup dengan gigih.
Namun pada akhirnya, banyak anggota JI memilih untuk bergerak secara independen. Menurutnya, keadaan ini akan menimbulkan kelompok-kelompok baru di JI. IPAC juga mencatat bagaimana beberapa anggota senior JI pergi ke Poso untuk melakukan pengajaran kepada anggota grup tersebut. Mereka menjelaskan apa yang mereka sebut sebagai "perang Islam" dan perubahan strategi dalam JI.
Setelah Hasanudin dipenjara, IPAC mengatakan bahwa JI masih mampu melanjutkan upaya indoktrinasi dan perekrutan anggota, terutama di beberapa masjid lokal di Poso yang terkait dengan organisasi tersebut.